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彭城
研究员/ chengpeng@ynu.edu.cn/生物信息学和功能基因组

个人简历

1999年9月-2003年6月,湖北大学,计算机科学与技术,学士

2003年9月-2006年6月,湖北大学,系统分析与集成,硕士

2006年9月-2011年12月,上海交通大学,计算机软件与理论,博士

2011年12月-2014年6月,华中农业大学,生命科学技术学院,历任讲师和副教授

2014年6月-2019年6月,华中农业大学,信息学院生物信息系,副教授

2019年6月-2020年5月,云南大学,中国新时代赌城生命科学中心,副教授

2020年5月-至今,云南大学,中国新时代赌城生命科学中心,研究员

 

研究方向

1、空间转录组。空间转录组旨在组织原位测定基因表达,进而分析细胞和基因表达的空间分布特征,在基础研究和病理检测中均具有重要应用价值。我们将开展空间转录组相关研究。

2三维基因组基因组三维空间结构与转录调控、DNA复制和遗传变异等生物过程具有紧密联系,我们将结合实验和计算研究三维基因组形成机理调控作用及其生物学功能

3、生物信息学开发生物信息学软件来处理分析高通量测序数据,如空间转录组和三维基因组。目前已经开发HiCHapTADLib等软件包来分析三维基因组数据

 

招生说明

本实验室招生时不要求学生具有生物信息学基础,大部分研究生都是在进入实验室后开始学习生物信息。

 

代表性论文#表示共同第一作者,*通讯或并列通讯作者)

1.Han Luo#, Xinxin Li#, Haitao Fu, Cheng Peng*. HiCHap: a package to correct and analyze the diploid Hi-C data. BMC Genomics, 2020.

2. Zi Wen, Zhi-Tao Huang, Ran Zhang, Cheng Peng*. ZNF143 is a regulator of chromatin loop. Cell Biology and Toxicology, 2018, 34:471-478.

3. Xiao-Tao Wang, Wang Cui, Cheng Peng*. HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions. Nucleic Acids Research, 2017, 45(19): e163.

4. Xiao-Tao Wang, Peng-Fei Dong, Hong-Yu Zhang, Cheng Peng*. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2015, 43(15):7237-7246.

5. Cheng Peng#*, Liang-Yu Fu#, Peng-Fei Dong, Zhi-Luo Deng, Jian-Xin Li, Xiao-Tao Wang, Hong-Yu Zhang*. The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling. Nucleic Acids Research, 2013, 41(19):e183.